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Qu'est-ce que la Bioinformatique ?

L’informatique occupe une place importante dans nombre de métiers des Sciences du Vivant.

Les ordinateurs permettent en effet d’aborder un grand nombre de questions posées par ces secteurs d’activité, qui ne peuvent être résolues directement par des expériences en laboratoire.

Par ailleurs, l’optique de travail en bioinformatique est différente de celle qui est adoptée en biologie.

Les biologistes effectuent souvent des études sur des éléments très spécifiques, comme un gène ou une voie métabolique ; en contraste, les bioinformaticiens explorent plutôt des processus d’envergure, comme par exemple le développement de cellules ou l’annotation de génomes.

Ils travaillent la plupart du temps sur des données de grande taille (par exemple issues de séquençages massifs), les analysant in silico ou effectuant des simulations informatiques sur la base de modèles mathématiques.

Parfois l’ordinateur est même un passage obligé, comme c’est le cas pour l’étude des repliements de protéines ou les liaisons peptidiques : la modélisation tridimensionnelle est effectuée par des programmes de visualisation couplés à des modules de calculs et des bases de données de structures déjà connues.

Enfin, la bioinformatique est un champ d’étude réellement pluridisciplinaire, amenant à collaborer avec des gens de formations différentes, ce qui procure une vision intégrative et globale de la science, très appréciée dans le domaine.

Le parcours « Bioinformatique, Connaissances, Données » délivre un diplôme de Master. Elle fait partie des trois parcours du Master Sciences & Numérique pour la Santé. Elle a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellulaire, physiologie animale et végétale, biochimie), des sciences médicales, de l’informatique ou des mathématiques aux besoins spécifiques de la bioinformatique (modélisation du vivant, systèmes d’information biologiques, algorithmique dédiée, analyse de séquences et de génomes, prédictions structurales, phylogénie, … ) tout en renforçant les compétences de leur profil initial.

Organisation de la formation

Le parcours « Bioinformatique, Connaissances, Données » délivre un diplôme de Master. Elle fait partie des trois parcours du Master Sciences & Numérique pour la Santé. Elle a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellulaire, physiologie animale et végétale, biochimie), des sciences médicales, de l’informatique ou des mathématiques aux besoins spécifiques de la bioinformatique (modélisation du vivant, systèmes d’information biologiques, algorithmique dédiée, analyse de séquences et de génomes, prédictions structurales, phylogénie, … ) tout en renforçant les compétences de leur profil initial.

  • L’année de M1

Cette année est consacrée en grande partie à l’apprentissage des bases en informatique ou en Biologie/Santé manquant aux étudiants suivant leur formation d’origine, ainsi qu’à l’introduction de la bioinformatique et aux champs d’application des sciences et du numérique en Santé. Des modules permettent aussi aux étudiants d’approfondir leurs connaissances dans leur domaine initial.

Cet enseignement est ponctué de projets tout au long de l’année pour que les étudiants s’approprient le contenu des modules et appronfondissent leur connaissance du secteur d’activité. Un projet transversal en équipe est proposé aux étudiants dès le premier semestre du M1 (de septembre à janvier), permettant d’intégrer les connaissances acquises dans plusieurs modules et d’apréhender le travail à plusieurs (un savoir faire important pour les bioinformaticiens, toujours à l’interface de plusieurs disciplines). Il est suivi d’un stage individuel au second semestre (de juin à août) permettant d’appliquer ces connaissances et ayant pour but de répondre à un problème réel. Les sujets sont proposés par des professionnels du secteur. Pour l’année en cours, les sujets de projets du premier semestre sont disponibles ici.

  • L’année de M2

Elle est consacrée à des enseignements plus techniques en bioinformatique et modélisation (e.g. pour la conception de médicaments, les thèmes Omique, l’analyse de génomes, les structures des molécules, …), ainsi qu’en développement de systèmes d’aide à la décision et de systèmes d’information dédiés à la santé. La formation est ponctuée en fin de M2 par un stage de 6 mois (en entreprise ou en laboratoire).

L’Institut Telecom est une école d’ingénieur disposant d’une spécialité de 3ème année en sciences & numérique pour la Santé sur Montpellier. La possibilité de rejoindre cette école en fin de M1 sera donnée aux bons étudiants de M1 de formation initiale en informatique.

 

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